亚里安（中原茂配音）本是普罗米修斯和潘多拉的孩子，然而潘多拉在还未生下亚里安之时就战死了，普罗米修斯拼尽全力才让亚里安有了降临这个世界的机会。之后，普罗米修斯因为盗取圣火而遭到了宙斯的处罚，亚里安辗转被德墨忒尔收养，可很快，德墨忒尔也遭遇了悲惨的命运，冥王哈迪斯趁机掳走了亚里安，令他相信自己是海王波塞冬的儿子，为了寻找父亲，亚里安踏上了旅途，不仅如此，他还发誓要杀死宙斯为自己的亲人们复仇。　　...

　　从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……　　雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的「地球防卫组织」成立。　　第二天，嘉克帝国的机器人废气邪恶兽·艾提索斯出现。这时，学生们手中的雷神金...

　　宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰......