在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮...

　　千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉...

　　故事发生在名为青鞜三之宫学院的学校里，这是一所校风非常严谨的学校，崇尚男卑女尊的风气，在学校里，所有的苦活累活都是男生做的，女生天生就站在食物链的顶端。不仅如此，学校里亦拒绝聘用男教师。　　天和响（岸祐二配音）是刚刚从大学毕业的热血青年，鼓足了劲想要在教育界大展拳脚。为了付清房租，天和响必须在三之宫学院找到一份工作，在房东老太太的建议之下，他决定男扮女装，潜入学校之中。最终，天和响顺利的得到了...

　　御茶水工业大学生早乙女和也，因恶友南原耕太郎的阴谋赠送的病毒CD发作、试图抵抗之下，居然莫名奇妙的连结到生化达因公司网站，还误订了生化娃娃（CyberDoll，简称CBD）。快递员送来了生化娃娃小梅，开启了和也与小梅的故事。　　生化达因公司所制造的生化娃娃，会睡觉、吃东西、看电视连续剧会感动得伤心流泪，外貌、个性、行为反应，各方面都和人类几乎没有差别。尺寸有六分之一大小的小梅，也有真人等比例的...

　　七濑武（宫野真守配音）是一名看似十分淡漠，内心里也却是冷若冰霜的少年。曾经不堪回首的往事让他选择封闭自己的内心，不透露出丝毫的感情。虽然一直克制着自己的情绪，但七濑武又时时能够感受到内心里还在燃烧的火焰。一次偶然中，七濑武在校园里遇见了一名昏倒在地上的少女，善良的七濑武将少女带到了保健室，得知她名叫相羽六（东山奈央配音）。　　让七濑武没有想到的是，他和相羽六的相遇彻底改变了自己的人生轨迹。相羽...

　　在战火即将熄灭的时候，勇者肯巴度在虹虹的烈火中消灭了村子里最后一只妖魔······然而身心疲惫的他，跟随着光，在森林深处意外地发现了一个熟睡的婴儿······　　又一个大清早，佑希在招呼完进后，匆忙中一不小心就摔了下楼。当发现桌上丰盛的食物后，佑希已经预料到将会发生不幸的事，但面对着慈祥的父亲时，到嘴边的话又收回了······　　在夺去邱埔的魔法鸟向城里飞的途中，佑希由于误认是王子的马车而失神...